Como ultimo para atrapar Pokémon legendarios de Hoenn para cada escenario es muy distinto y a la ves aparecen solo en el en forma exclusiva.


* Pokémon del escenario Rojo (Rubí):

1.- Groudon:

Para atrapar a este legendario Pokémon debes de estar por segunda vez en el bonus Groudon y debes de pegarle 15 veces con la pokeball y cuando le pegues la 15 vez Groudon se meterá en la pokeball y será tuyo.  

* Pokémon del escenario Azul (Zafiro):

1.- Kyogre:

Para atrapar a este legendario Pokémon debes de estar por segunda vez en el bonus Kyogre y debes de pegarle 15 veces con la pokeball y cuando le pegues la 15 vez Kyogre se meterá en la pokeball y será tuyo.

* Pokémon de ambos escenarios:

1.- Rayquaza.

Este Pokémon se te aparéese luego que hayas capturado a Groudon o a Kyogre dependiendo el escenario que estés jugando, se te aparece luego de que atrapes a 3 Pokémon de forma seguida y en el bonus te dirá que esta este Pokémon legendario. La primera vez que lo veas no lo podrás atrapar a si que en la segunda vez lo podrás atrapar. Cuando estés con el debes de pegarle 15 veces con la pokeball y lo podrás vencer o capturar.

* Pokémon difíciles de sacar en el juego:

Luego que tengas a 2 Pokémon legendarios que hayas atrapado sea cual sea podrás atrapar a los 2 Pokémon legendarios mas raros y mas difíciles de sacar que son Jirachi y Deoxys. Para sacarlos de veras de salir del lugar del escenario donde estas. Para cuando cambies de lugar el Pokémon que te cambia de lugar te llevara a un lugar muy raro y el Pokémon legendario Jirachi (aparece en el rojo) o Deoxys (aparece en el azul) donde se te puede aparecer si atrapas 3 Pokémon salvajes o de los huevos, para que te salga entonces debes de estar en este lugar:

Luego para que te salga, atrapa 3 Pokémon salvajes o que te salga en la start slot el Pokémon legendario y el Pokémon caminara en el escenario por 30 segundos, atrápalo pegándole  en la pokeball y el se meterá.