En el Pokémon Puzzle Challenge se pueden conseguir nuevos Pokémon a lo largo del juego.

#025 Pikachu. Cuando juegues en el modo Desafío, nivel Normal. Luego debes conseguir un Combo de 6 bloques con cualquier entrenador que se encuentre antes de Débora. Al hacerlo te aparecerá en el mismo Gimnasio un caballero "GENTLEMAN". Véncelo y podrás tener a Pikachu en tu equipo.

#161 Sentret. Logra una cadena de 7 bloques o mas en el modo Desafío, nivel Normal, antes de encontrarte con Débora. Después de dicho logro aparecerá un nuevo adversario, una bella "BEAUTY". Véncela y podrás tener a Sentret en tu equipo.

#172 Pichu. Tienes que jugar en el modo Desafío, nivel Normal. Luego debes estar 4 minutos sin perder con cualquier entrenador que se encuentre antes de Débora. Al hacerlo te aparecerá en el mismo Gimnasio un entrenador "POKEFAN". Ganarás un Pichu después de ganarle.

#175 Togepi. Juega en el modo Desafío de un jugador en el nivel Normal. Luego debes conseguir un Combo de 10  bloques antes de encontrarte con Débora. Al hacerlo te aparecerá en el mismo Gimnasio un  "POKEFAN". Véncelo y podrás tener a Togepi en tu equipo.

#182 Bellossom. Derrota a cualquiera en menos de 25 segundos en el modo Desafío ennivel Normal, antes de llegar con Débora. Cuando lo logres, aparecerá una chica "LASS" y te retará ahí mismo. Derrótala y ahora contarás con un simpático Bellossom.

#183 Marill. Tienes que jugar en el modo Desafío, nivel Normal. Tendrás que conseguir un Combo de 6 bloques con cualquier entrenador que se encuentre antes de Débora. Al hacerlo te aparecerá en el mismo Gimnasio un nadador "SWIMMER". Véncelo y te dará a Marill.

Hay algunos Pokémon que sólo se pueden conseguir cuando eclosionan los huevos, como son #174 Igglybuff y #239 Elekid. Estos Pokémon sólo sirven para jugar con ellos en algunos modos de juego (sólo cambiará el aspecto del fondo).