Este juego de Pokémon junto con el Puzzle Challenge rompe el esquema de los tipos de Pokémon RPG y Batalla. En el juego las batallas no son prácticamente con Pokémon, si no que se juega a un “duelo de rompecabezas”.

El juego permite seleccionar varios entrenadores que aparecieron en las primeras series de Pokémon, pero solo en el estadio de 2 jugadores, y cada entrenador cuenta con tres Pokémon de los cuales deberás elegir uno para combatir en el Puzzle.

Si juegas en el estadio para un solo jugador, tendrás que batallar contra los líderes de gimnasio y contra la Elite 4 y este estadio posee 3 tipos de dificultad y dos que tendrás que desbloquear.
Posee dos tipos de puzzle: uno es el 2D, en el cual la pantalla es plana y por lo tanto el modo de juego es más fácil.

También se encuentra el modo 3D que simula una torre circular, y esto sube la dificultad ya que tendrás que estar pendiente de que ningún cubo llegue a la cima.

Otros modos de juegos son el SPA, en el cual tendrás que hacer que tus cubos bajen en el menor tiempo posible, el modo Maratón, en el cual deberás jugar rápido y podrás marcar records, la Escuela Pokémon mide tus habilidades, tendrás que desacerté de los cubos con movimientos limitados (no mas de tres) y deberás cursar por tres clases: la primera conducida por Richy, la segunda por Lorelei y la tercera por Brock.