Tal como en Pokémon Mundo Misterioso Rojo y Azul, en Exploradores del Tiempo y Oscuridad también hay Pokémon exclusivos en cada juego,
estos son:

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Pokémon exclusivos de Pokémon Mundo
Misterioso Exploradores de la Oscuridad
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Beedrill
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Mewtwo
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Burmy
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Buneary
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Lopunny
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Rotom

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Pokémon exclusivos de Pokémon Mundo
Misterioso Exploradores del Tiempo
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Butterfree
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Celebi
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Combee
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Pachirisu
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Riolu
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Lucario

Solo 7 Pokémon Exclusivos en cada edición de los más de 400 Pokémon disponibles en el juego.