Este juego es bien parecido a Pokémon Oro y Plata, pero con sus pequeños pero significativos cambios. Nueva introducción, animaciones en algunos Pokémon, opción de ser mujer u hombre... varias cosas hacen de éste juego quizás el mejor que haya hecho la Nintendo con respecto a Pokémon para su consola GameBoy. Se mejoran las gráficas, las animaciones son mejores, los ataques más reales... en otras palabras, Pokémon Cristal es el sueño de todo Maestro Pokémon.

Este nuevo juego cuenta con muchas mejoras respecto a las versiones anteriores... una de ellas, quizás la más importante, es que con Pokémon Cristal se vino la llegada de la heroína mujer, debido a que los creadores de los juegos de Pokémon se dieron cuenta de que no solos los niños jugaban Pokémon, sino también las niñas, fue así como por primera vez en un juego Pokémon RPG se podía escoger entre ser un Entrenador hombre o mujer.

No es esa la única cualidad nueva, aunque por si sola ya seria suficiente para comprar el nuevo juego, otra nueva característica es que algunos Pokémon tendrán animaciones... la llama de Cyndaquil por ejemplo esta animada... ¿ Interesantes novedades, no ?.

Uno de los mayores cambios es la Torre de Batalla, cerca de Ciudad Olivo. Es un gigantesco edificio en el cual pasas por diferentes entrenadores con solo 3 Pokémon (igual tu), dándote premios como Proteína, Calcio, etc. El nivel de estos entrenadores es terriblemente alto. Un excelente desafío.

Una particularidad que caracterizó a la versión Japonesa de Pokémon Cristal era su compabilidad para entablar comunicación entre consolas mediante un adaptador que permitía el uso de un teléfono celular en reemplazo del tradicional Cable Link. Este servicio denominado Mobile Phone System permitía además a sus usuarios obtener el preciado objeto GSBall, con el cual era posible atrapar al Pokémon Legendario Celebi en la capilla del Bosque Encinar. Nintendo decidió excluir este servicio fuera de Japón dado a que en año 2001 no era muy común el uso de teléfonos celulares por parte de los niños, cosa que si ocurría en el país nipón por aquel entonces.