La Torre de la Batalla en Pokémon Cristal es uno de los muchos nuevos rasgos en el juego. Se localiza en Ruta 40, oeste de Ciudad Olivo. En la versión Japonesa, la torre era sólo accesible a las personas con el Adaptador Móvil, pero en la versión americana, se abre a todos. Los niveles predefinidos para batallar con son de 10 a 40, pero cuando superes la Élite Cuatro, tu podrás batallar con Pokémon de nivel 10 a 100. 

La Torre de la Batalla es un lugar donde entrenadores vienen a batallar para probar tus habilidades. En la torre, solo se permite usar tres Pokémon. Los Pokémon con los que tu batallas tienen que estar a los niveles que seleccionas o debajo de los mismos  para entrar. Cualquier Pokémon con un nivel más alto no será permitido. En la torre, tu lucharás un total de siete entrenadores. Después de cada batalla, el Pokémon estará curado. Cuando completes las siete batallas, ganarás un premio. Los premios son diferentes cada batalla, y pueden ser Proteína, Carbos, Hierro, Calcio, Más PS, etc.

Las reglas

Puesto que la Torre de la Batalla es como un torneo, hay reglas para seguir  como cualquier otro. Debajo hay una lista de las reglas para la torre:

• No pueden usarse Ítems en la Torre de la Batalla, porque es una prueba de habilidades.
• No puedes tener dos Pokémon iguales.
• Cada uno de tus Pokémon puedes equiparse con un Ítems, pero deben ser distintos.
• Ciertos Pokémon tienen restricciones de nivel. Lo siguiente es una lista de Pokémon que no puede entrar a menos que el nivel seleccionó para batallar es 70 y encima de: Mewtwo, Mew, Lugia, Ho-oh y Celebi.
• Un Huevo tampoco puede entrar  porque es considerado como un Pokémon no válido.