El juego de Pokémon Pinball Zafiro y Rubí, además que poder capturar Pokémon y de ayudas también cuenta con bonus extras para poder obtener más puntaje, dependiendo del tipo de escenario hay distinto tipos de bonus:


* Bonus del Rojo (Rubí):

1.- Bonus Kecleon:

Para sacar el bonus Kecleon de veras de capturar 3 Pokémon en forma seguida, cuando tengas los 3 Pokémon capturados, te saldrá el bonus Kecleon. Al entrar a el estarás en un bosque y saldrá un Kecleon, tienes que pegarle al Kecleon 10 veces y terminara todo y tendrás 30.000.000 de puntaje, ten cuidado por que el Kecleon se oculta, para verlo pégale al árbol y soltara un detector Devon para que puedas ver al Kecleon.

  
2.- Bonus Groudon:

Este bonus lo podrás sacar cuando hayas sacado el bonus Kecleon. Es lo mismo de sacar este bonus con el del Kecleon pero, debes de atrapar 3 Pokémon de forma seguida y luego de se te aparezca la entrada del bonus Groudon. Al entrar estarás en una cueva y aparecerá Groudon y para vencerlo le debes de pegar 15 veces con la pokeball, pero no puedes atraparlo aun, cuando vuelvas a estar en este bonus podrás atraparlo.

* Bonus del Azul (Zafiro):

1.- Bonus Duskull:

Para sacar el bonus Duskull debes de capturar 3 Pokémon seguidos y te aparecerá en el medio la entrada a este Bonus. Al entrar a este bonus estarás en un cementero y con 2 Duskull, pégales que son en realidad 10 veces y luego se te aparecerá un Dusclops donde el cual debes de pegarle 5 veces con la pokeball y luego terminara todo y tu recibes 30.000.000 de puntaje.

  
2.- Bonus Kyogre.

Este bonus lo podrás sacar cuando hayas sacado el bonus Duskull Es lo mismo de sacar este bonus con el del Duskull pero, debes de atrapar 3 Pokémon de forma seguida y luego de se te aparezca la entrada del bonus Kyogre. Al entrar estarás en un lago dentro de una cueva para vencerlo le debes de pegar 15 veces con la pokeball, pero no puedes atraparlo aun, cuando vuelvas a estar en este bonus podrás atraparlo.

* Bonus de Rojo (Rubí) y Azul (Zafiro):

Hay un bonus que lo puedes sacar cuando quieras en ambos escenarios, cual es el de los Spheal y Sealeo. En el escenario rojo para estar hay debes de cambiar varias veces a los chinchou pegándoles un botón que esta en el lado izquierdo y debajo de ellos, cuando se te aparezca un Pokémon llamado Whiscash trata de entrar pegándole en la boca y estarás en el escenario. En el escenario azul para entrar en el escenario debes de entrar en la boca de Pelipper y el te lleva volando a donde se ubica el escenario.