La Plaza Pokémon tiene una especie de Gimnasio en el cual podrás poner a prueba tus habilidades como Equipo de Rescate combatiendo contra otros Equipos de Rescate, se trata del Dojo Makuhita. Cabe mencionar que la única finalidad del Dojo de Makuhita es hacer más fuerte tu equipo de rescate y si logras superar todos los dojos, Makuhita te dará una recompensa especial.

Este establecimiento cuenta principalmente con 17 dojos como base, representados por cada uno de los tipos Pokémon, cada uno de estos dojos comprende una Mazmorra de 3 niveles con Pokémon Salvajes que no podrán ser reclutados además de que no hay objeto alguno, en el último piso de la Mazmorra se encuentra un Equipo de Rescate al que tendrás que vencer para poder demostrar que has pasado por ese Dojo.

Dojo Normal

	Pokémon Salvajes Zigzagoon
	Equipo Rival Zigzagoon, Furret & Farfetch"d

Dojo Fuego

	Pokémon Salvajes Ponyta Slugma Magby
	Equipo Rival Slugma, Ponyta & Magby

Dojo Agua

	Pokémon Salvajes Poliwag
	Equipo Rival Poliwag (x3)

Dojo Planta

	Pokémon Salvajes Exeggcute Sunkern
	Equipo Rival Exeggcute, Sunkern, Cacnea & Shroomish

Dojo Eléctrico

	Pokémon Salvajes Voltorb
	Equipo Rival Voltorb (x2) & Electrike (x2)

Dojo Hielo

	Pokémon Salvajes Swinub Piloswine Snorunt
	Equipo Rival Swinub, Snorunt & Piloswine

Dojo Luchador

	Pokémon Salvajes Tyrogue Meditite
	Equipo Rival Hitmonlee, Meditite & Tyrogue

Dojo Tierra

	Pokémon Salvajes Diglett Phanpy
	Equipo Rival Phanpy (x2) & Diglett (x2)

Dojo Volador

	Pokémon Salvajes Pidgey
	Equipo Rival Doduo, Farfetch"d & Pidey

Dojo Psíquico

	Pokémon Salvajes Wobbuffet
	Equipo Rival Wobbuffet (x3)

Dojo Veneno

	Pokémon Salvajes Nidoran♀
	Equipo Rival Nidoran♀ (x2) & Nidoran♂ (x2)

Dojo Bicho

	Pokémon Salvajes Weedle Beedrill Pinsir
	Equipo Rival Weedle, Pinsir & Beedrill

Dojo Roca

	Pokémon Salvajes Geodude Sudowoodo
	Equipo Rival Geodude, Pupitar & Sudowoodo

Dojo Fantasma

	Pokémon Salvajes Gastly
	Equipo Rival Gastly (x3)

Dojo Dragón

	Pokémon Salvajes Bagon Shelgon
	Equipo Rival Bagon (x2) & Shelgon (x2)

Dojo Siniestro

	Pokémon Salvajes Poochyena
	Equipo Rival Poochyena (x2) & Murkrow (x2)

Dojo Acero

	Pokémon Salvajes Aron Beldum
	Equipo Rival Aron (x2) & Beldum (x2)

Una vez que hayas superado los 17 dojos anteriores, Makuhita te premiará con una Figura de Bonsly que será colocada automáticamente al lado de tu base (solo sirve como decoración, no podrás cambiarla de lugar, ni quitarla) y con un Ginseng.

Además de los dojos anteriores, existen 4 más, pero estos formados por Equipos de Rescate "reconocidos", a los líderes de estos a medida de que avancemos en el juegos nos los iremos encontrando en distintas ocasiones, su dojo será desbloqueado a medida del avance en el juego. Cada vez que superes uno de estos dojos, Makuhita te premiará con un Ginseng.

Equipo Ladino

	Pokémon Salvajes Nuzleaf
	Equipo Rival Nuzleaf (x2) & Shiftry

Equipo Constrictor

	Pokémon Salvajes Tentacool
	Equipo Rival Cradily, Octillery & Tentacruel

Equipo Hidro

	Pokémon Salvajes Poliwag
	Equipo Rival Swampert, Blastoise & Feraligart

Equipo Rocadura

	Pokémon Salvajes Graveler
	Equipo Rival Graveler (x2) & Golem

Se rumora que existe un dojo más, y este solo puede ser desbloqueado en el Equipo de Rescate Azul, utilizando ambas versiones del juego (Azul para el Nintendo DS y Rojo para el GameBoy Advance) en sus respectivas ranuras de la consola Nintendo DS y ya con un juego avanzado, pero aún no hemos encontrado pruebas que nos indiquen la veracidad de este rumor.