Al siguiente día de haber reclutado a Ho-oh, Charizard y Blastoise se encuentran explorando una cueva situada al oeste, pronto estos escucharán una voz que les cuestionara por haberse atrevido a despertarle, preocupado Charizard le pedirá que se muestre, la voz dirá que fue creado para luchar, que es el Pokémon más poderoso de todos y pronto comenzará a atacarles.

Después en la Plaza Pokémon estarán reunidos Bellsprout, Lombre, Wobbuffet y Wynaut discutiendo acerca de cual es el más fuerte de todos, pronto llegarás y te lo preguntarán a ti, las posibles respuestas son Groudon, Rayquaza o tu mismo, pese a cual sea la respuesta Wynaut contará la historia de un Pokémon que fue creado para luchar y que esta durmiendo en una cueva, de repente aparecerán Charizard y Blastoise muy lastimados para corroborar lo que ha dicho Wynaut, pronto Charizard caerá, antes de caer también Blastoise dirá que ese Pokémon se encuentra en una cueva ubicada en el oeste, mientras Bellsprout va en busca de ayuda para auxiliarlos, Lombre te dirá que ya saben que el Pokémon se encuentra en la Cueva Occidental, pero que no piensa ir, con esto se nos permitirá el acceso a esta Mazmorra.

 

Cuando decidas ir a la Cueva Occidental deberás estar bien preparado ya que es una Mazmorra muy larga, cuenta con 99 pisos, en los cuales habrá Pokémon muy fuertes así que intenta llevar Pokémon fuertes en tu Equipo y algunos objetos que te ayuden a sobrevivir en el transcurso de esta masiva Mazmorra.

 
Si fuiste capaz de llegar al último piso (99), nos encontraremos en una habitación donde una voz nos preguntará que quien perturba su reposo, pronto aparecerá un Pokémon, se presentará con nosotros, su nombre es Mewtwo y vive para luchar. Nos dirá que ha estado en animación suspendida para que al llegar cualquiera como tu, el este listo para luchar en un abrir y cerrar de ojos. Prepárate por que inicia la pelea contra el Pokémon más fuerte del juego.

Al vencer a Mewtwo, no podrás reclutarle y finalizará la exploración. Tendrás que volver a enfrentarte con el para que esta vez si reclutarlo, pues en el segundo encuentro Mewtwo posee un 99.9% de Reclutamiento, los únicos requisitos son vencerle y que el peso del equipo no sea mayor a 3 estrellas. Al ser reclutado Mewtwo se encontrará en nivel 40.