La Ruta 41, es la continuación de la Ruta 40 y al cruzarla nos llevará a Ciudad Orquídea (Cianwood City), a lo largo de la ruta, veremos 4 islas,  las cuales se llaman Islas Remolino, estas islas son muy misteriosas y guardan un secreto legendario, además de que se caracterizan por tener en la entrada un remolino que impide la entrada a la misma.

Nos dirigiremos hacia el lado izquierdo de la Ruta para llegar a Ciudad Orquídea, a lo largo de este transcurso nos toparemos con varios entrenadores.

Entrenador	Equipo Pokémon
Nadador Swimmer	Shellder Nv. 18	Tentacool Nv. 19	Tentacruel Nv. 19	-	-	-
Nadadora Swimmer	Goldeen Nv. 18	Goldeen Nv. 20	Seaking Nv. 20	-	-	-
Nadador Swimmer	Krabby Nv. 23	-	-	-	-	-
Nadadora Swimmer	Staryu Nv. 20	Starmie Nv. 20	-	-	-	-
Nadador Swimmer	Gyarados Nv. 20	Gyarados Nv. 20	-	-	-	-
Nadadora Swimmer	Seel Nv. 22	-	-	-	-	-
Nadador Swimmer	Qwilfish Nv. 23	-	-	-	-	-
Nadadora Swimmer	Horsea Nv. 21	Horsea Nv. 21	-	-	-	-

Finalmente después de pasar la ultima Isla Remolino veremos finalmente la orilla de Ciudad Orquídea.