Los Héroes
Son los personajes principales de la historia, el jugador podrá encarnar en uno de ellos, ya sea hombre o mujer.

El Profesor Elm
El será el encargado de entregarte a tu Pokémon Inicial y guiarnos en nuestra aventura Pokémon, residente de Pueblo Primavera (Newbark Town) y vecino del héroe del juego.

El Rival
Este personaje es un chico vil que no le toma importancia alguna a sus Pokémon, incluso tendrá que robarle al Profesor Elm uno de sus Pokémon para hacerse de su Pokémon Inicial. En el desarrollo del juego tendrá varios altercados con el héroe.

El Profesor Oak
La máxima autoridad del Mundo Pokémon estará presente en la región Johto, y gracias a él, el héroe del juego recibirá el Pokédex.

César (Kurt)
Residente de Pueblo Azalea (Azalea Town), es capaz de crear PokéBalls especiales utilizando Bonguris (Apricorns), proceso que le lleva un día entero.

Eusine
Es un investigador Pokémon enfocado en los Pokémon Legendarios: Raikou, Entei y en especial Suicune. En la historia tiene su primero contacto con el héroe en la Torre Quemada (Tin Tower) que se encuentra en Ciudad Iris (Ecruteak City) .

Mamá
La mamá del héroe también tiene un papel importante dentro del juego, ya que ella podrá ser la encargada de ahorrar el dinero que el héroe gana en sus combates Pokémon, además de que siempre mantendrá comunicación con él por medio del PokéGear.

Chicas Kimono
Son varias chicas que visten de Kimono y que encontrará el héroe en su aventura por el Mundo Pokémon, lo que tienen en común estas chicas, es que todas tienen una evolución distinta de Eevee, además de que estarán envueltas en la historia principal del juego y al parecer darán algo especial al héroe en algún punto de la historia.