En cualquier momento, podemos acceder a las misiones de la Red Ranger. Comenzaremos por la primera. En el menú pulsamos sobre Red Ranger y luego sobre jugar misión especial. Después elegimos la única que hay, ya que es la primera.

Apareceremos en la Red Ranger junto a Alejandro. Allí nos informará que tiene una misión para nosotros, se trata de un Deoxys que Alejandro no pudo capturar. Luego se irá hacia el piso de arriba de la base. Nosotros saldremos y llegaremos automáticamente al Bosque Lila.

Cuando lleguemos aparecerá Deoxys y se transformará en su forma ataque. Se dirigirá al Túnel Rocoso y nosotros lo seguiremos. Cuando entremos seguimos por el único camino posible hasta encontrar a Deoxys. Podremos capturarlo pero se escapará puesto que está en su forma ataque, terminará la captura, se transformará en su forma defensa y huirá. Nos llegará un mensaje de Alejandro diciéndonos que sólo podremos capturarlo en su forma normal.

No se puede guardar la partida, seguimos hacia arriba. Cuando veamos dos caminos, vamos por el de arriba y para encontrar a Deoxys otra vez. Al intentar capturarlo, se transformará en su forma velocidad y huirá. Nosotros seguimos por donde se fue, cuando veamos dos caminos, vamos por el de la izquierda. Al salir, vamos hacia la izquierda de nuevo y encontraremos a Deoxys. Huirá de nuevo y se transformará en s forma normal.

Nosotros ahora vamos hacia abajo para salir, luego hacia la izquierda y entramos por la puerta que hay al lado de una maquina de guardado. Luego seguimos hacia arriba y encontraremos a Deoxys en su forma normal. Ahora lo intentamos capturar (en medio de la captura puede cambiar de tipo).

Cuando lo capturemos, lo liberaremos y volveremos a la Base Ranger. Allí Alejandro quedará asombrado y nos dirá Misión Cumplida. Luego se guardará la partida, volveremos al menú principal y aparecerá una nueva misión especial.