Al igual que en Pokémon Mundo Misterioso: Equipo de Exploración Rojo y Azul, en Pokémon Mundo Misterioso: Exploradores del Tiempo y de la Oscuridad, también existe un lugar donde podrás almacenar, comprar y vender objetos, almacenar dinero, enlazar ataques, entrenar a tu Equipo de Exploración, entre otras cosas, se trata de la Aldea Tesoro.

Click para agrandar

Todas las tiendas disponibles en Aldea Tesoro con sus respectivas descripciones son las siguientes:

Encargado	Nombre	Descripción
	Consigna Kangaskhan	Es el lugar ideal para almacenar aquellos objetos que no usarás en alguna expedición, pero que aún te son útiles para usar después.
	Tienda y Almacenes Kecleon	Los hermanos Kecleon se encargarán de tener su tienda llena de objetos que te serán muy útiles en las expediciones como lo son las Bayas, las Semillas, Esferas Mágicas, Máquinas Técnicas y demás objetos.
	Anticuario Xatu	Ya adentrado en el juego te percatarás de que hay expediciones en las que encuentras cofres que no se pueden abrir, para ello deberás ir al Anticuario Xatu, donde Xatu se encargará de abrirlos.
	Enlaces Electivire	Un lugar muy útil también es Enlaces Electivire, ya que Electivire es capaz de enlazar dos movimientos de tu Pokémon, esto para que al ejecutar uno de esos dos ataques, inmediatamente se ejecute el otro, es decir, dos movimientos en el mismo turno. Además Electivire puede hacer que los Pokémon recuerden movimientos olvidados.
	Banco Duskull	En el Banco Duskull se encargarán de mantener tu dinero a salvo, así no tendrás que preocuparte por perder todo tu dinero cuando no completas una expedición.
	Guardería Chansey	Chansey se encargará de cuidar de los huevos que consigas hasta que el Pokémon que haya en el interior salga del cascarón. Gracias a esto puedes tener nuevos reclutas para tu equipo.
	Dojo Marowak	El Dojo Marowak es el lugar ideal para hacer más fuerte a tu Equipo de Exploración, ya que si llegás a perder esto no afectará a tus objetos ni a tu dinero.