Después de haber derrotado a Darkrai en el Crater Oscuro llegarás a la parte final de la historia secundaria, deberás realizar tres misiones cualesquiera. A la mañana siguiente de haberlas realizado, al salir del Risco Sharpedo encontrarás a Chatot; y este nos dirá que ¡Manaphy ha vuelto! y se encuentra en la playa.

Al llegar a la playa nos encontraremos con Manaphy, aquel Pokémon que conocimos recien nacido, pero ahora luce mayor, puesto que ya ha crecido durante su estancia en el mar.

Junto con Manaphy volverán al Risco Sharpedo, allí Manaphy recordará que en ese lugar nació, y luego nos dirá que los Manaphys tienen el poder de recordar el sitio donde nacieron para que después cuando se hacen mayores volver a él. El motivo de su regreso es para preguntarnos si queremos que se una a nuestro Euipo de Exploración, obviamente aceptaremos y tendremos un nuevo miembro en nuestro.

Ahora que Manaphy se ha unido al equipo, deberás realizar tres misiones cualesquiera, al día siguiente cuando salgas del Risco Sharpedo se encontrarán a Manaphy, este nos contará que ha encontrado un lugar en el que hay muchas gumis, se trata del Refugio Marino (Marine Resourt).

De ahora en adelante tendrás acceso al Refugio Marino, la cual es una mazmorra fácil con 19 pisos. Al final encontrarás cuatro cofres lujosos que contienen una gomi cada uno y un telepuerto con el que saldrás de la mazmorra.

Pokémon que aparecen
Clefairy	Clefable	Jigglypuff	Wigglytuff	Meowth	Persian
Slowbro	Krabby	Lickitung	Kabuto	Kabutops	Dratini
Cleffa	Igglybuff	Bellosom	Espeon	Wobbuffet	Snubull
Corsola	Phanpy	Smeargle	Miltank	Blissey	Wingull
Pelipper	Whismur	Gulpin	Swalot	Spoink	Grumpig
Spinda	Wynaut	Buizel	Ambipom	Croagunk	Lickilicky