Las diferencias entre Mundo Misterioso "Exploradores de la Oscuridad y del Tiempo" son muy pequeñas, aún que nos servirán de ayuda durante nuestra aventura. La primera diferencia es nada más empezar, cuando inicia el juego nos sale un video, al inicio de dicho video aparecen dos Pokémon que abren un cofre del tesoro, la diferencia esta en ese cofre, si juegas a la versión oscuridad saldrá el cofre rojo y si haces lo mismo con la versión tiempo te saldrá el cofre azul.




Aparte de esto, también encontraremos Pokémon diferentes en cada versión.

Pokémon exclusivos de Pokémon Mundo Misterioso Exploradores de la Oscuridad
Beedrill	Mewtwo	Burmy	Buneary	Lopunny	Rotom

Pokémon exclusivos de Pokémon Mundo Misterioso Exploradores del Tiempo
Butterfree	Celebi	Combee	Pachirisu	Riolu	Lucario

También hay objetos distintos en cada versión, aquí os dejamos las imágenes de los objetos y abajo su descripción.

Objetos exclusivos de Exploradores de la Oscuridad
Imagen	Nombre	Descripción
	Semilla Ira	Al comer esta semilla, se maximiza el Ataque Especial. Así que no se la lances a ningún rival.
	Pausasfera	Este objeto cambia el estado de todos los enemigos de la sala a Agarrotado. Un Pokémon agarrotado queda inmóvil temporalmente.

Objetos exclusivos de Exploradores del Tiempo
Imagen	Nombre	Descripción
	Semilla Vil	Al comer esta semilla, se reduce la Defensa y la Defensa Especial a 1 punto. Ideal para derrotar fácilmente a cualquier rival.
	Detienesfera	Este objeto cambia el estado de todos los enemigos del piso a Petrificado. Un Pokémon petrificado es incapaz de actuar hasta que recibe daño.