Al regresar a la Aldea Tesoro después de habernos enfrentado a Palkia, verás que Azurill ya se ha despertado y todos agradecerán lo que hemos hecho, Cresselia, quien también estará presente, nos contará que tiene el poder de disipar las pesadillas y que Darkrai tiene el poder de crear ilusiones y convertir los sueños en pesadillas. También nos contará que lo que en verdad quería Darkrai era eliminarnos y fue por ello que tomó la forma de Cresselia ya que nos tiene miedo; debido aque le arruinasteis los planes que tenia para destruir la torre del tiempo, también averiguarán que el que esta distorsionando el espacio es Darkrai, así que iran en busca de él en el Crater Oscuro (Drak Crater) y en esta aventura nos acompañará Cresselia.

El Cráter Oscuro es probablemente la mazmorra más dificil que encontraremos en todo el juego, tiene 29 pisos en total plagados de Pokémon de tipo fuego y de otros tipos, entre el piso 15 y el 16 encontrarás una estatua Kangaskhan donde guardar.

Pokémon que aparecen
Charmander	Charmeleon	Charizard	Growlithe	Arcanine	Ponyta
Rapidash	Flareon	Cyndaquil	Quilava	Typhlosion	Slugma
Macargo	Torchic	Combusken	Blaziken	Numel	Camerupt
Torkoal	Chimchar	Monferno	Infernape	Mismagus	Hippowdon
Rhyperior	Magmortar	-	-	-	-

Jefe de la Mazmorra

Arbok, Macargo, Aggron, Darkrai, Mismagus, Rhyperior y Magmortar

Al llegar a la cima encontraremos a Darkrai y este nos dirá que cuando Grovyle y tu viajaron en el tiempo, el los atacó y al proteger a Grovyle acabaste convertido en Pokémon, perdistes la memoria y se separaron.

Después te sumirá en una de sus pesadillas en la que les preguntará a ti y a tu compañero si se quieren unir a él y dominar juntos al mundo, tu compañero se le unirá y te dirá que te unas a ellos, después despertarás y te darás cuenta de que todo era una pesadilla, entonces Arbok, Macargo, Aggron, Mismagus, Rhyperior y Magmortar apareceran a nuestro alrededor y se sumarán a Darkrai, los tendremos que derrotar junto con Cresselia.

Tras derrotar a Darkrai, este creará un agujero negro para desaparecer pero aparecerá Palkia y cuando Darkrai se meta en el agujero le lanzará un ataque.

El agujero desaparecerá. y nos contará Palkia que le sucederá a Darkrai lo mismo que a ti, cuando el te ataco mientras viajabas en el tiempo con Grovyle, Darkrai perderá la memoria, Palkia se irá y nosotros regresaremos a la Aldea Pokémon donde nos recibirán todos los integrantes del Pokégremio.